あらすじ

祖父と、曽祖父の名前を持つジェームズ・T・カーク。彼が生を受けたのはUSSケルヴィンの緊急脱出用の小型艇の中だった。突然現れた異形の大型艦に襲われ、キャプテンを失ったUSSケルヴィンの代理を務めたカークの父。彼は、カークとその母、そして800人のクルーを救うため宇宙に散ったのだ。

22年後、アイオワの地でカークはたくましく成長する。しかし自分の進むべき道が見つからず、警察の手を煩わすことさえ度々だった。そんなある日、カークは惑星連邦艦隊のパイクと出会う。「今の艦隊にはお前のような奴が必要だ。父親を超える男になってみろ」と言うパイク。そして3年の月日が流れ、カークは惑星連邦艦隊に。しかし抜群の適正を持ちながら、トラブル・メイカーであることから抜けきれず、司官への壁を越えられずにいた。

ある日昇任試験での不正行為を指摘され、カークが謹慎を命じられているその時、緊急事態が発生する。謹慎中のカークはUSSエンタープライズにもぐりこむことに成功するが、直感が、この事態がUSSケルヴィンを襲った凶事と酷似していることを告げていた。やがて、その黒い影がカークとUSSエンタープライズの前にその正体を露にする……。